Представитель одной оконной фирмы сказал по секрету,
что почти все организации, осуществляющие монтаж окон и отделку лоджий и балконов, для отделочных и утеплительных работ привлекают субподрядные строительные конторы.
Если это так, то не получается ли визуальной границы между окнами на лоджии(комнаты) и отделкой?

нет, не должно. они ведь с вами, как с заказчиком, обговаривают все моменты связанные с окнами. да и вам не все ли равно за каким юридическим лицом числиться человек если он выполняет работу по договору.